郭祚，字季..，太原晋阳人，魏车骑将军郭淮弟弟郭亮的后代。祖郭逸，任州别驾，前后以两个女儿嫁司徒崔浩为妻，一个女儿嫁给崔浩弟弟上党太守崔恬。世祖时，崔浩受宠用事，拜郭逸为徐州刺史，假榆次侯，终赠光禄大夫。父郭洪之，因崔浩事发牵连被诛，郭祚逃亡在外，得以免死。郭祚少时孤贫，其貌不扬，乡人没人认识他。有名女巫给他看相说日后当富贵。郭祚博涉经史，习崔浩之书，尺牍文章见称于世。刚成年，任州主簿，刺史孙小任他为书记。又太原王希，是徐逸妻的侄儿，与他互相照应，二人得以出名。
高祖初年，郭祚被举为秀才，对策处上第，朝廷拜授他为中书博士，转任中书侍郎，迁任尚书左丞，长兼给事黄门侍郎。郭祚对公事清正勤勉，日夜不懈，高祖很是欣赏他。跟从高祖南征，还朝之后，转任正黄门。皇帝车驾幸临长安，行经渭桥，经过郭淮庙，帝问郭祚说：“这是爱卿的祖庙？”郭祚说：“这是臣七世伯祖。”高祖说：“先贤后哲，尽出一门。”郭祚回答说：“过去臣先人以通儒英博，只事魏文，微臣虚薄，得奉明圣，自思十分幸运。”皇帝下诏以太牢祭祀祖庙，让郭祚自写祭文。帝又因郭祚辅赞迁都洛阳的功劳，赐给他东光子爵位。高祖曾经幸临华林园，观看旧的景阳山，郭祚说：“山以仁静，水以智流，愿陛下好自修之。”高祖说：“魏明帝因奢失于前，朕我为什么步其后尘？”郭祚说：“高山仰止。”高祖说：“这是不是指身行影从？”迁官散骑常侍，仍然领黄门职。当时，高祖锐意典礼，兼考检群官，又加上迁都洛阳，百业草创，征战不息，内政外务，十分繁杂。郭祚与黄门宋弁参与谋划。按其才能，各有委任。郭祚负责承禀注疏之类文字工作，特别勤勉。皇帝曾因立冯昭仪，百官晚上在清微后园饮宴的机会，高祖举杯酒赐给郭祚以及崔光说：“郭祚忧劳众事，忠心于朕；崔光温良博物，为朝中隽秀。朕不劝这两个人的酒，那该劝谁的呢？”二人被皇帝是如此看重。
当初，高祖任命李彪为散骑常侍，郭祚因入见皇帝，高祖对郭祚说：“朕昨天误授一个人的官职。”郭祚回答说：“陛下您圣镜照临，论才授职，官员进退与否，黜升幽明，品物既彰，人伦有序，何至于容圣诏颁行而有差异。”高祖沉吟说：“这应该有推让，如李彪推让，朕就打算另给他授一官职。”不一会，李彪出启说：“伯石辞卿，子产所恶，臣想要这个官职已经很久，不打算辞让。”高祖叹着气对郭祚说：“你的忠谏，李彪的咄咄正辞，使朕迟疑不能决定。”于是不换李彪的官职。皇帝乘舆南讨，郭祚以兼侍中职跟从皇帝，又被拜为尚书，晋爵为伯。高祖逝世，咸阳王元禧等人启奏郭祚兼任吏部尚书，不久除任长兼吏部尚书、并州大中正。
魏世宗下诏因奸吏逃刑，决定把他们流放到边疆，如若他们永避不出，兄弟代受刑罚。郭祚启奏说：“慎狱审刑，道昭先古；垂章设禁，义纂惟今。所以先王循按人情物理，为之立法，故而八种刑罚备于昔典，查奸之律彰于来制，都是按照所犯罪行，量刑定罪，这是为了敦风厉俗，永为世范。臣考虑皇旨博远，理绝近情，为臣既有愚蠢的不同看法，不容不讲述出来。的确，败坏法律的根源，是由于奸吏作怪，奸吏身份虽微，败坏法律的行为实在很厉害。臣寻思皇诏之旨，的确是为了断其遁逃之路，治理要决，确实在此。然而法贵止奸，不在过于严酷，制定法律，还可为后世范式。假如法律太猛而奸诈不息，禁止罪过而法不能传，那拿什么载于刑书，垂示百代？如果因奸吏逃窜，兄弟顶罪，罪人的妻儿又应随之定罪，这就会是一人之罪，祸殃二家。愚臣认为罪人既逃，就当让妻儿连罪，逃走的人，悬名永配，过失永不赦免，这样做奸之途自然塞住了。”帝下诏从之。
不久，郭祚转正吏部。郭祚立身高洁清廉，珍惜重视官位，至于授予官职，如果得到一人，必定会考虑很久，然后才行下笔，下笔就说：“此人从此就走上显贵之途了。”由于这，办事速度颇慢，当时很是招了些怨愤。但是他所选拔录用的，都量才称职，当时人们又因此称赞他。
出任使持节、镇北将军、瀛州刺史。等太极殿建成，郭祚到京师朝拜，转任镇东将军、青州刺史。郭祚任地方官职时，逢上收成不好，全境饥荒，他伤惜优抚百姓，多有赈济，虽然他处理事务不快，很是烦缓，但是当地人民到今天还怀念他的恩泽。入朝为侍中、金紫光禄大夫、并州大中正，迁任尚书右仆射。当时朝廷正在议定新律，帝诏让郭祚与侍中、黄门参议勘正。旧例，令、仆、中丞入宫时引马骑卒传呼开道而入宫门，直到马道。等到郭祚任仆射，认为这不是尽敬皇上的行为，就跟世宗提了出来，帝接受了他的意见，下诏说：“皇御在太极殿，臣上朝传呼开道止于止车门；皇御在朝堂，止于司马门。”传呼开道不入宫，由此开始。帝诏郭祚以本官领太子少卿。郭祚曾跟从世宗幸临东宫，肃宗幼弱，郭祚怀揣一黄瓜出奉肃宗。当时应诏皇帝左右赵桃弓与御史中尉王显互相援引，深受世宗宠幸，郭私下里巴结他们。当时人毁谤他的，称他为桃弓仆射、黄瓜少师。
郭祚启奏说：“臣谨案前后考查格式虽然能甄别天下之士，而臣愚短，还有不明白的地方。现在必须定职的人的迁官转职由其情况而定，超越阶等的即须量情处置。景明初年的考官格式，五年可升一阶半。正始年间，故尚书、中山王元英奏启考格，受旨：只依可正满三周年为限，不能计残年之勤。又去年中，因以前二制不同，奏请皇上裁决。帝旨说：‘升降体式，只依以前格式裁断。’而今不知以前格式，是随从景明年间的断决办法，还是随正始格式？景明年考检官员的办法，东西省文武闲官都分三等，考同任事，而前尚书卢昶启奏上第之人三年转升半阶。现在的考格，又分为九等，前后不同，错落无依。”帝下诏说：“考绩在上中的，升职办法，有六年以上的，迁升一阶，三年以上迁升半阶，残年都去除。政绩考核在上下的，六年以上迁升半阶，不满六年的不计。其职满期以后考绩在上下的，三年迁升一阶。散官按卢昶所奏方法实行。”
郭祚又启奏说：“考察令：公正清廉独著，德行治绩超常，而不负朝廷嘱托的为上上，一等的为上中，二等的为上下，共计八等，品级降幅有九等。不知现今诸曹府寺，凡考：理事公清，但才干并非十分突出；才干称职，但德行并不出众；干才大略可以，而守平堪任；或者才能稍差，处官应事，并不是全都提不上等级的人依照哪一条？景明三年(502)以来，至今已有十一年，按原规定的期限而判，应有三次升退官员了。而今臣通查一过，不知为十年之中通其等级，积以为第，是否随其前后年代分别，各自区别善恶而定升降？况且过失的条章，数成落后为差，这条以少过为最，多失为后。不知取什么是少过？依什么为多先？累计品级，又有几等？官员的诸文案失踪，应杖罚十下为一负。罪依律条，过失随其付记。十年之中，三经赦失，赦前之罪，不问轻重，都蒙宽免。或者被御史弹劾，查验不实，遇赦复职的，不知记等还能除任与否？”帝诏说：“独著、超常以及才备、少过，都是文武兼上上之极的。由此以降，还有八等，随才为序，令文已备。其政绩较差以及政绩平平的情况，都包含在其中，何容另外产生怀疑呢。所说的通考，意指累年政绩，至于升降格式依照惯例决断，不用又请制定。那些惩罚已定的政绩差劲的，本来就是这个范围之内的，遇大赦免罪，只记述其殿等，任官。”不久，加授郭祚为散骑常侍。
当时帝诏营建明堂国学，郭祚启奏说：“而今大军西举，开纳岷蜀；戎旗东指，镇靖淮、荆；汉水、沔水之间又须防守保卫。征兵发众，实在是多了，郊边多垒，烽火未息，不可在战争之际，又兴土木之功。而且冬去春来，春作将始，为臣愚见认为应当等丰收之后，百姓有效忠急公之心，明堂国学便可即刻成就。”帝从之。世宗末年，皇帝常常引郭祚入东宫，密受赏赐，多至百余万，杂以绫纟罗绸缎。又特别赐予剑与杖，恩宠很深，迁任左仆射。
这以前，萧衍派将康绚遏阻淮水，准备淹灌扬州、徐州，郭祚上表说：“萧衍狂悖，擅自截断河水，工程很苦，民众不堪，危亡征兆已经显出。但是古谚有‘敌不可纵’的话。夫以一瓢之水，也许会成为不测之渊，如不及时剪灭，恐怕会后果不堪设想。陛下应该命一重将，率领统军三十人，领羽林一万五千人，并调京东七州虎旅九万人，长驱电迈，火速令其扑讨。擒斩之勋，一如常制，敌人辎重杂物，都交军人。像这样，则贼凶之首用不了多长时间就可高高悬起。为臣的确清楚，农桑之时，不是发兵之日，但假如事情深有道理，那也就不得不这样了。过去韦、顾跋扈，殷后起昆吾之师；犭严狁乱起，周王兴六月之伐。微臣身处机要之地，提出建议是臣的责任，为臣心中有什么想法，怎么敢默而不献。陛下一并应敕扬州选择一名猛将，派当州之兵赶赴浮山，表里夹攻。”朝议接受了这个建议。
朝廷出除郭祚的使持节、散骑常侍，都督雍、岐、华三州诸军事、征西将军、雍州刺史。太和以前，朝廷刑法尤其严酷，显贵臣僚稍有差失，便常常遭杀头之罪。李冲掌握朝政，钦佩郭祚的学识才干，推荐他为左丞，又兼任黄门郎。郭祚便觉得心满意足，经常因家中以前曾经历崔氏之祸，总担心会遭危险灭亡，苦自陈诉，言词恳切，发自内心。李冲对他说：“人生有运数，是无法躲避的，你只管清白当官，有什么可害怕的。”从此二十多年，官位俸禄都很隆重，而求进之心越发滋长。又以东宫师傅的资本，看不上尚书之职，志在封侯、仪同之位，尚书令、任城王元澄替他上奏请位。等到为征西将军、雍州刺史，郭祚虽很高兴外任，但尚以府号不优，愿望越发大起来，执政的人颇觉奇怪。这时，领军于忠恃宠骄横，崔光这些人，卑躬奉承他，郭祚很讨厌他，于是派太尉从事中郎景尚说服高阳王元雍，令于忠出任州职，于忠听说大怒，矫诏杀害郭祚，当时郭祚六十七岁。
郭祚通达政事，凡是他经历的职务，都很称职，每有裁断，都有旧例可依。名位既重，声望也深，一旦无辜被害，远近时人无不惋惜。灵太后临朝，派使者前去吊慰，追复伯爵之位。正光年间，朝廷赠他为使持节、车骑将军、仪同三司、雍州刺史，谥称文贞公。